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北京分院负责联系和管理北京、天津、山西的42个研究机构，1个教育机构，2个公共支撑单位，1个新闻单位，1个其他单位。分院系统单位拥有2个国家实验室和40个国家重点实验室，7个国家工程实验室，3个国家工程研究中心和7个国家工程技术研究中心，79个中国科学院重点实验室。